Geir Stene-Larsen er utdannet Cand. med fra Universitetet i Oslo fra 1981 og tok medisinsk doktorgrad samme år. I tillegg er han spesialist i generell indremedisin i 1990 og har toårig utdanning i medisinsk ledelse og helseadministrasjon i 1994.


Geir Stene-Larsen har arbeidserfaring som assistentlege fra flere sykehus og har også hatt flere lederstillinger ved Folkehelsa. Videre har han jobbet som prosjektleder/rådgiver i Sosial- og helsedepartementet, før han ble tilsatt som direktør i Norges forskningsråd i 1997. Geir Stene-Larsen har vært direktør ved Nasjonalt folkehelseinstitutt siden 2001.