Innovasjon Norge er organisert som et særlovsselskap, jf. lov om Innovasjon Norge. Staten og fylkeskommunene eier henholdsvis 51 og 49 pst. av selskapet. Innovasjon Norges lovfestede formål er å være statens og fylkeskommunenes virkemiddel for å realisere verdiskapende næringsutvikling i hele landet. Styret i Innovasjon Norge består av elleve medlemmer, hvorav ni oppnevnes av selskapets foretaksmøte og to velges blant de ansatte. Statens eierskap i Innovasjon Norge følges opp av forsknings- og innovasjonsavdelingen i Nærings- og fiskeridepartementet.