Nofima er organisert som et aksjeselskap. Staten, Stiftelsen for Landbrukets Næringsmiddelforskning og Akvainvest Møre og Romsdal AS eier henholdsvis 56,8, 33,2 og 10 pst. av selskapet. Nofimas formål er å bidra til økt konkurransekraft i matindustrien og fiskeri- og havbruksnæringen gjennom egen- og oppdragsfinansiert forskning og utvikling, herunder deltakelse i andre virksomheter med slik virksomhet. Styret i Nofima skal bestå av mellom seks og ni medlemmer, som oppnevnes av selskapets generalforsamling og blant de ansatte. Statens eierskap i Nofima følges opp av forsknings- og innovasjonsavdelingen i Nærings- og fiskeridepartementet.