Myrseth tok teologisk embetseksamen i 1988. Han var vikarprest i Tunsberg bispedøme frå 1989 til 1991. Frå 1991 til 2005 var han sokneprest i Norderhov og frå 2005 har han vore prost i Ringerike. Jan Otto Myrseth har også hatt teneste som sjukehusprest og som lærarvikar ved Menighetsfakultetet sitt praktisk-teologiske seminar.