Per Høiby har gjennomført Sjøkrigsskolens intendanturlinje og Forsvarets stabsskole. I tillegg har han gjennomført et ”Management Program” innen operasjonell revisjon og administrativ kvalitetssikring fra Bedriftsøkonomisk institutt.

Han har sjøtjeneste som intendant om bord KNM Vale og i tillegg har tjenestebakgrunn som økonomioffiser ved Forsvarskommando Sør-Norge, avdelingsleder ved KNM Harald Hårfagre, avdelingssjef ved Tromsø sjøforsvarsdistrikt, seksjonsleder ved Forsvarets overkommando/administrasjonsavdelingen og adjutant hos H M Kongen.