Winther er sivilingeniør fra NTNU fra 1987 og Ph.D (doktorgrad) samme sted fra 1993.
Jan-Gunnar Winther (48 år) har de siste seks årene vært direktør for Norsk Polarinstitutt.

Fra 1988 til 1994 var han ansatt som forskningsingeniør ved SINTEF NHL, Trondheim. I 1994 ble han ansatt som leder for Antarktis seksjonen i Norsk Polarinstitutt. Fra 1998 til 2004 ledet han programmet for polar klimaforskning, og i 2004 ble han ansatt som forskningsdirektør i Norsk Polarinstitutt. Han har under tiden i instituttet hatt oppgaver og verv i en rekke sammenhenger, internt i Polarmiljøsenteret og nasjonalt, så vel som internasjonalt.