Finnmarksloven gjør noen endringer i andre lover som har betydning for Finnmarkseiendommens råderett over den grunnen den overtar. De viktigste endringene gjøres i bergverksloven.

Før man starter leting etter mineralforekomster i Finnmark skal Finnmarkseiendommen, Sametinget og de lokale reindriftsstyrene varsles skriftlig. Når bergverksmyndighetene vurderer søknader om rett til å utnytte mineralforekomstene i et område, skal de legge vesentlig vekt på hensynet til samiske interesser. Sametinget, fylkeskommunen og kommunen skal få anledning til å uttale seg om saken. Dersom Sametinget eller Finnmarkseiendommen går imot at søknaden innvilges, skal saken avgjøres av Nærings- og handelsdepartementet.

Det er også bestemt at Kongen kan gi regler om høyere avgift til grunneier for gruvedrift på Finnmarkseiendommens grunn enn det som gjelder for andre grunneiere.