Seksjonen har ansvar for etatsstyring av statlige universiteter og høyskoler, private høyskoler, Norges forskningsråd, Norsk utenrikspolitisk institutt (NUPI), De nasjonale forskningsetiske komiteene, Nasjonalt organ for kvalitet i utdanningen (NOKUT), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (DIKU) og Direktoratet for IKT og fellestjenester i høyere utdanning og forskning (UNIT). Dette inkluderer ansvaret for å utarbeide tildelingsbrev til alle institusjonene nevnt foran. Seksjonen har ansvar for selskapsforvaltningen i universitets- og høyskolesektoren og forvalter eierstyringen av selskapene som er eid direkte av Kunnskapsdepartementet. Seksjonen har også ansvaret for analyse og for å videreutvikle statens forvaltning av forsknings- og utdanningsinstitusjoner, herunder arbeidsgiverpolitikk og arbeidsgiverstøtte.